Судебный участок мирового судьи № 427 района Щукино в Москве признал Фонд имени Андрея Рылькова виновным в нарушении закона «о нежелательных организациях». Организация оштрафована на 50 тыс. рублей за наличие на своем сайте гиперссылки на фонд «Открытое общество», внесенный в перечень «нежелательных организаций».
В фонде считают претензии необоснованными. «Закон устанавливает запрет на совершение действий — распространение информационных материалов, а не обязанность неограниченного круга лиц совершить некие действия — например, вычистить с сайта все ссылки на Фонд Сороса, возникшие там до конца мая 2015 года», — говорит юрист Фонда имени Андрея Рылькова Владимир Цвингли. В организации заявили о намерении обжаловать решение суда.
В июне 2016 года фонд был принудительно внесен в реестр «иностранных агентов». «Политической деятельностью» Минюст посчитал участие организации в международной акции, направленной на продвижение наркополитики, публикацию открытого письма председателю правительства и интервью президента фонда на телеканале «Дождь». Организации также грозил штраф за отказ добровольно признавать себя «иностранным агентом», но суд прекратил дело.
Закон «о нежелательных организациях», принятый в мае 2015 года, вызвал критику со стороны российского и международного правозащитных сообществ. «Нежелательными» признаются иностранные и международные организации, чья деятельность угрожает «обороноспособности или безопасности государства» или «основам конституционного строя». В «Патриотический стоп-лист» Совета Федерации РФ вошли 12 организаций, деятельность которых может быть признана «нежелательной».
Статус «нежелательной организации», в частности, в разное время был присвоен Национальному демократическому институту международных отношений, Фонду Сороса, Национальному фонду в поддержку демократии и Американо-российскому фонду по экономическому и правовому развитию, Международному республиканскому институту и Фонду инвестирования в развитие СМИ.
В 2017 году также было возбуждено дело за нарушение закона «о нежелательных организациях» против Информационно-аналитического центра «Сова», а Ярославская общественная организация «Центр социального партнерства» была оштрафована на 50 тыс. рублей.