В рамках подготовки программы реформирования системы здравоохранения края на 2009-2011 годы специалисты Центра СПИД подготовили ряд предложений. Среди них: открытие филиалов Центра СПИД в Славгороде, Заринске, Алейске, Камне-на-Оби, оснащение межрайонных диагностических лабораторий и лабораторий краевого Центра СПИД, приобретение медикаментов для профилактики вторичных инфекций, открытие специального отделения для пациентов с патологией "ВИЧ+туберкулез", открытие хосписа для больных ВИЧ-инфекцией. Предложения переданы в Управление Алтайского края по здравоохранению и фармацевтической деятельности.